Les différents organismes ne vivent pas dans les mêmes conditions de température et ne se nourrissent pas tous des mêmes substances. En se nourrissant de ces matériaux et en les digérant, les organismes produisent de nouvelles matières (humus) qui sont consommées par d'autres.

 Au cours du processus de compostage, la composition des produits organiques change dans la matière et la présence des communautés vivantes n’est pas linéaire.

 Au début du compostage, seuls les micro-organismes sont actifs. L’oxygène est consommé, et la température monte, c’est la phase de décomposition.

Les micro-organismes utilisent des enzymes qui détruisent d'abord les parois cellulaires des tissus tendres. Quand les parois cellulaires sont percées, le contenu de la cellule coule et il reste une structure molle. C'est ce que l'on peut appeler "pourrir".

 Puis les bactéries sont à l'œuvre. Les éventuels effets négatifs du pourrissement tels que l'odeur d'acidité sont réduits à néant par la présence de matériaux structurés et par une aération régulière.

 Une autre conséquence de l'activité des micro-organismes est l'élévation progressive de la température. Celle-ci est particulièrement importante au début du processus de compostage. L'énergie présente dans les matières organiques se transforme en chaleur.

Dans un grand tas de compost, la température peut atteindre de 50 à 60°C et parfois plus (70 à 80°C dans des tas de plusieurs dizaines de m3). A ces températures la digestion est plus rapide, les germes de maladies et les graines adventices éventuellement présents dans les déchets de jardin sont neutralisés.

Ce qui est significatif est que la phase de décomposition se combine avec une réduction du volume. La réduction qui se produit les premiers jours après la mise en forme des différentes couches constituant l’œuvre, est à imputer au poids propre et à la perte de structure de la matière.

 La transformation de la matière carbonée sous forme de CO2 volatile et l'évaporation de l'eau constituent les autres sources de réduction du volume.

 La température redescend progressivement et les champignons colonisent la matière. Sous 30°C, les micro-organismes restent actifs, mais sont dorénavant accompagnés  par des organismes de plus grande taille : des vers de compost, des acariens, des collemboles, des cloportes, des coléoptères, des mille-pattes ... en fait, tous les macro-organismes qui vivent dans la litière, entre les feuilles, sous les arbres et branches, ou sous un morceau de bois vermoulu.

 Pendant que les micro-organismes poursuivent la transformation des déchets grâce aux excrétions de leurs propres enzymes, la décomposition par les macro-organismes se passe dans leur tube digestif.

 Ils grignotent les bouts de bois devenus tendres ou aspirent la substance des cellules, Le matériau est réduit en petites particules qui continuent leur décomposition dans le tube digestif et ensuite lors de la colonisation des excréments par les micro-organismes.

 Le matériau perd donc tout à fait son aspect d'origine, on ne trouve plus que des "miettes".

 Puis d'autres micro-organismes se mettent au travail : la transformation finale de la matière organique en éléments nourriciers, eau et oxygène, est appelée "minéralisation". Les substances minérales formées sont les nutriments pour la plante. Au fur et à mesure de la décomposition des matières organiques, l'humus se forme.